El ion de hipoclorito posee una carga eléctrica negativa, mientras que el ácido hipocloroso no lleva ninguna carga. El ácido hipocloroso se actúa rápidamente, siendo capaz de oxidar y eliminar la bacteria en una cuestión de segundos, mientras que el hipoclorito de sodio puede tomarse hasta media hora para hacer lo mismo. Las superficies de gérmenes llevan una carga negativa, que resulta en una repulsión del ion de hipoclorito cargado negativamente, haciendo al hipoclorito menos efectivo al momento de matar gérmenes  El radio de ambos compuestos es determinado por el nivel de acidez (pH) del agua. Los especialistas pueden ajustar el nivel de pH en el ácido hipocloroso para hacerlo más eficiente eliminando bacterias. La falta de carga eléctrica en el ácido hipocloroso permite que penetre las barreras protectoras de los gérmenes con más eficiencia.